La historia inicia cuando se está celebrando el cumpleaños de Peach en su castillo y un extraño pastel se recibe en la puerta. Cuando llega a Peach, salen del pastel Bowser Jr. y los otros siete “Koopalings”, quienes atrapan a la princesa del Reino Champiñón en el mismo pastel del que salieron y se la llevan; y en persecución de estos, van Mario, Luigi, un Toad azul y un Toad amarillo. Los items traje propulsor y traje de pingüino los tiran los otros Toad desde el Castillo de Peach. Son ocho mundos que tendrán a cada uno de los “Koopalings” como jefe. y el final con Bowser igual que en el juego Super Mario Bros 3.

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